La primera vez que me topé con el problema de “Existe en el sistema de archivos” eran pocos los archivos con este conflicto. En su momento lo que hice fue eliminar esos archivos, actualizar normalmente y seguir adelante.
Al borrar los archivos que me daban problemas se desaparecía el motivo del error y el sistema se actualizaba sin problemas.
Sin embargo, esta vez me tocó actualizar una portátil que tenía ya bastante tiempo sin usar y el listado de archivos con este conflicto resultó numeroso. Era tiempo de cambiar de enfoque.

La solución
Después de probar varios consejos encontré en este artículo de los foros de Manjaro: Can’t Update – lots of errors KDE Manjaro una solución que me funcionó.
Para actualizar usé pacman con los siguientes parámetros.
sudo pacman -Syyuu --overwrite '*'
De esta forma, al encontrar un archivo con conflicto, lo que hace es sobreescribirlo y continúa sin problemas.

El problema Existe en el sistema de archivos no es frecuente. Pero si me ha pasado en más de una ocasión.
Espero que este consejo les ayude a solucionar este problema.
Muy buen truco compañero… será poco frecuente, pero yo me lo he encontrado más de lo deseable 😉👍🏻
Muchas gracias me funciono perfecto
Muchas gracias, me has ahorrado mucho trabajo.