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Coronavirus, Python y como mezclarlos para obtener información sobre la pandemia.

En estos días no se habla de otra cosa que no sea del Coronavirus aka el COVID-19. Es prácticamente imposible que pasen 5 minutos sin ver una nota, meme, audio o canción relacionado con el tema.

El colmo es que me enteré de que ya hicieron un módulo para Python que obtiene los datos de como va avanzando la pandemia en el mundo con gracias a la información proporcionada por la Universidad John Hopkins.

Trasteando un poco hice un pequeño programa para monitorear el avance del coronavirus en México. El programa muestra los casos confirmados, los muertos y la tasa de mortalidad en México y el mundo.

Instalar covid

Para poder usar el módulo hay que instalarlo con pip.

pip install covid

El código es el siguiente:

from covid import Covid
import time

covid = Covid()
covid.get_data()

casos_mexico = covid.get_status_by_country_name("mexico")

confirmados_mexico = casos_mexico['confirmed']
muertos_mexico = casos_mexico['deaths']

fechahora = time.strftime("%a, %d %b %Y %H:%M:%S %Z", time.localtime(casos_mexico['last_update']/1000))

print("                          MÉXICO")
print("                         ========")
print("       Última actualización :", fechahora)
print("          Casos confirmados : %i" % (confirmados_mexico) )
print("                    Muertos : %i" % (muertos_mexico))

tasa_letalidad_mexico = (muertos_mexico/confirmados_mexico) * 100
print("          Tasa de letalidad : %4.2f %%" % (tasa_letalidad_mexico))


confirmed = covid.get_total_confirmed_cases()
deaths = covid.get_total_deaths()

tasa_letalidad_mundial = (deaths / confirmed) * 100
print("  Tasa de letalidad mundial : %4.2f %%" % (tasa_letalidad_mundial))

Como pueden ver el código es bien sencillo. Tuve más problemas en mostrar de forma correcta la fecha y hora de la última actualización que en consultar la información.

Un programa como este puede ser muy útil para recolectar información e ir construyendo gráficas.

El único problema que tengo es que no creo en las cifras oficiales. El sistema de salud mexicano viene de problemas serios de falta de medicamentos para tratamiento de niños con cáncer, cáncer de mama, falta de vacunas y un líder moral que cree que la mejor protección contra el coronavirus es un Detente del Sagrado Corazón de Jesús (no no es broma).

Así es, este es el plan del presidente contra el coronavirus.

En estos días se dio a conocer que el costo de una prueba para el COVID-19 ronda en los 8 mil pesos mexicanos, así que no creo que este gobierno con su “austeridad republicana” (porque si hay dinero pero para otras cosas cof dos bocas cooof tren maya cooooof Santa Lucía cooof camionetas para la guardia nacional y recontra cooof) tenga la intención o el compromiso de aplicar pruebas a una población que todos los años se enfrenta a influenza, AH1N1, zika, chikunguña, dengue, sarampión o envenenamiento súbito por plomo (o sea unos buenos balazos). Pero en fin, eso es otro tema.

Por cierto, ¿Alguien sabe donde venden esos Detente? es para una investigación.

Covidify

Actualización 4-abr-2020. Lamentablemente el módulo covid dejó de funcionar hace un par de días (espero que no se haya enfermado). Y al estar buscando alguna solución di con Covidify que hace un mucho mejor trabajo que el módulo anterior.

Extrae la información, hace gráficas y lo entrega todo en un resumen en Excel (se puede abrir en LibreOffice).

Resumen de datos para México sobre el COVID19.
La recolección de datos.
Casos confirmados y los nuevos casos.
¿ Y ese brinco tan enorme en los casos recuperados?

Para utilizarlo primero tiene que instalar covidify:

pip install covidify

Y directamente desde la terminal iniciar la recolección de datos. En mi caso fue algo así:

covidify run --country="Mexico" --output="/directorio/de/salida/"

En el directorio de salida que especifiquen se van a encontrar con todos los archivos que generó el programa, pero el resumen están en el archivo en Excel.

Y hoy que estuve analizando los datos, parece que hay menos enfermos de COVID19, o es eso, o se les terminaron las pruebas.

¿A qué se debe esa caída tan brusca en el número de infectados?

Recuerden seguir las recomendaciones. Quedarse en casa, lavarse frecuentemente las manos, evitar lugares concurridos y guardar la sana distancia.

9 comentarios en “Coronavirus, Python y como mezclarlos para obtener información sobre la pandemia.

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  2. Chaparral

    Me gustó la manera de hacer un análisis sobre una cosa muy seria como es el Covid-19. Es como una fotografía o una instantánea de la realidad.

    1. linuxmanr4 Autor

      Se supone que es para medir avances y tomar decisiones, pero es difícil, precisamente por lo que comento, la falta de confianza en las cifras oficiales. Estas son las cifras de hoy 20 de marzo.

      MÉXICO
      ========
      Última actualización : Fri, 20 Mar 2020 08:13:08 CST
      Casos confirmados : 164
      Casos activos : 159
      Muertos : 1
      Recuperados : 4

      Tasa de letalidad : 0.61 %
      Tasa de letalidad mundial : 4.09 %

  3. Javier Dissimoz

    Hola! Lo estoy intentando ejecutar en Windows 10, pero sin importar en qué ruta ubique el script, siempre recibo el mensaje siguiente:
    Traceback (most recent call last):
    File “covid_stats.py”, line 4, in
    from covid import Covid
    ModuleNotFoundError: No module named ‘covid’

    Verifiqué los path cargados en memoria (variables de entorno de Windows) y no encontré el motivo. Si bien sé que tu blog es dedicado a Linux, dado que el script debería poder ejecutarse en Windows si tenemos Python instalado, por si acaso te consulto.

      1. linuxmanr4 Autor

        Pues si funciona, como puedes ver en la imagen. El código es exactamente el mismo que el publicado. Probablemente tuviste problemas para instalar el módulo covid. Repite la instrucción pip.

        pip install covid

        ¡Saludos!

        COVID-19 Mexico 25 marzo 2020

  4. Javier Dissimoz

    Gracias por tu respuesta. Así es, lo había instalado pero me sigue dando el error. No sé si será algún path que deba actualizar para que Python “vea” esa librería.
    De hecho si ejecuto pip install covid nuevamente, la respuesta que obtengo es “Requirement already satisfied:” y muestra la ruta donde está instalado.
    Debo aclarar también que soy muy novato en Python, totalmente principante. Por eso es que supongo más un tema de mala configuración de mi parte en ambiente Windows.

    1. linuxmanr4 Autor

      Creo que en el instalador hay una opción de incluir las rutas ( PATHS ) , algo más o menos así:

      paths de python durante la instalación

      Intenta reinstalar python y asegurate que esa opción este activada.

      Saludos 🙂

  5. diego harriague

    Alguien sabe como puedo ejecutar en Ubuntu? o solo es para W10? me sale este error:

    Traceback (most recent call last):
    File “/home/diego/.local/lib/python3.6/site-packages/covidify/data_prep.py”, line 24, in
    from covidify.sources import github, wiki
    ImportError: No module named covidify.sources

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